层流手术室空调系统一般设置初效，中效，高效三种形式的过滤器。层流净化工程初效过滤器安装在新风机进风口和手术室回风口，层流净化工程中效过滤器安装在洁净恒温恒湿空调器进风口，这两种风口由设备配套，无须另行安装。层流净化工程亚高效过滤器结合在送风口中，使用在ICU病房和一些较高等级的病房中，洁净手术室高效过滤器则与层流罩结合，层流罩长度约为2米，有条件的可以将该段风管制作成楔形，改善气流组织。如果预先不能确定层流罩的位置，不宜马上制作该段风管.因开口切割后的铁屑容易残留在干净的风管内，造成二次污染，最好的方法是等位置确定后再预留风口，层流罩采用铆钉与风管连接，由于高效过滤器阻力大，其附近区域静压也较大，是最容易漏风的地方，建议铆钉的间距应在 70-80mm 之间。 有别于一般上送上回的普通空调，手术室气流组织多采用层流形，在一般情况下有两个相对的立面设有下回风口，回风口预置中效过滤器，设置在手术室下方的侧板上，在选用回风百叶时要采用上边有一定斜角带竖向百叶的风口，能有效防止回风口积尘。 手术室排风量需小于新风且室内形成的最小静手术室排风量需小于新风且室内形成的最小静压差需满足设计规范要求，一般在5~8Pa之间. 排风口需设置中效过滤器，以免在进行污染手术时细菌随排风扩散至外界。