医疗净化工程公司的技术实力参差不齐，建设单位和工程监理单位缺乏医疗净化工程建设的知识和经验，给洁净室的建设和使用带来了许多隐患，导致竣工验收不合格。虽然采取补救措施可以满足验收标准的要求，但隐蔽工程中的隐患难以补救。有些隐患危害很大，很可能成为洁净室的污染源。部分净化工程竣工验收合格，但综合性能评价不合格；部分医疗净化工程，虽然竣工验收和综合性能评价合格，但仍未发现隐患，导致运行成本增加和交叉污染，不仅浪费能源，而且大大降低了净化车间的性能。具体表现在以下几个方面。
(1)净化风管漏气严重，运行能耗增加。
在医疗净化工程的施工验收过程中，风管泄漏检测条款等规范性条款可操作性差，导致风管系统严重泄漏，主要是由于竣工验收和综合性能评价，系统未正式投入使用，阻力小于设计阻力，在测试风量时，采用变频调速或阀门调节将风量降低到设计风量。如果不确定系统总送风量（通常需要上升操作），简单测量每个洁净室的送风量，将掩盖风管泄漏的事实，将出现验收合格不合格的医疗净化项目，增加运行能耗，这也是许多人统计净化车间冷（热）负荷指标大的原因之一。
(2)风管内表面污染严重。
规范医疗净化工程风管内表面清洁、擦洗、验收的规定，有点脱离现实，导致风管内表面验收合格，实际不符合标准。如果风管内温度和湿度合适，营养源穿透粗糙，如人体头皮屑。当中效过滤器进入风管时，细菌会在这里繁殖，污染洁净室。这也是净化空调机组启动时在洁净室气味腐烂的原因之一。
近年来，许多三级甲等医院建设了医疗净化项目，从数百万元到数千万元不等。这种情况进一步繁荣了净化项目的建设市场。然而，施工中的问题也随之而来。一些施工单位实际上连接了为清洁手术室服务的空调机组的冷凝盘排水管。此外，冷凝盘处于负压区，在实际运行中难以排出冷凝水，这将不可避免地导致冷凝盘积水和细菌灌注，成为手术室的主要污染源，后果非常严重。此外，在洁净手术室项目的内部招标中，室内装饰工程公司也加入了乐趣，有些真的可以中标，施工质量可想而知。最终，它不仅带来了经济损失，而且还带来了手术风险。因此，医疗净化项目的建设必须选择专业的净化工程公司，以最大限度地减少净化项目隐患的存在。